北京基因组所（国家生物信息中心）相助开发新冠病毒基因组浏览器
1月20日，南宫娱乐（国家生物信息中心）与南宫娱乐上海营养与康健研究所相助开发的新冠病毒基因组浏览器效果，以“Coronavirus GenBrowser for monitoring the transmission and evolution of SARS-CoV-2”为题在国际学术期刊Briefings in Bioinformatics 在线揭晓。
病毒演化关系及撒播链条推演在疫情防控与病毒溯源中具有主要意义，随着新冠疫情的一直生长及新冠病毒基因组序列数目的快速增添，基于百万级病毒基因组数据的演化剖析与展示变得极其难题。为此，中科院北京基因组所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心赵文明团队和营养与康健所李海鹏、张国庆团队相助开发了Coronavirus GenBrowser（CGB） ；诼衍式基因组序列比对，CGB接纳自主开发的超快构树新要领举行进化树构建，并基于超快速极大似然法估算内节点时间，解决了快速构建百万病毒基因组序列的进化关系与可视化展示的要害问题。在撰写论文之前，CGB已于2020年8月正式上线并一连提供在线效劳。
CGB是一个开放会见和下载的新冠基因组演化可视化工具，接纳质控后的高质量新冠基因组序列数据以及撒播相关的元数据结构了百万级别的进化树。同时，基于CGB特有的带有突变和日期注释的树结构，新爆发的新冠病毒基因组序列可以超快速并准确地添加到进化树上形成新的进化树。CGB还提供基于树结构的基因组变异可视化展示。CGB用户界面友好，用户可以选择节点并高效地对进化树举行细节可视化和进一步剖析，并且无需任何编程。CGB同时也提供了下游剖析功效，包括变异剖析、谱系追踪、检测分支特异的加速进化以及病毒变异正选择等功效。现在CGB焦点数据文件仅24.6Mb，却包括了2.79百万新冠病毒全基因组变异及其元数据。通过团队一连排查元数据中可能包括的过失，CGB的数据接口提供了非？煽康氖菰。通过CGB双命名法，其1.15百万内枝均得以准确命名，并实现可搜索和盘问。
为了便于用户使用和操作，CGB提供web版本，支持九种语言，同时提供war包供下载和在任何网站中迁徙使用。为利便使用CGB的所有功效，推荐使用单机版(http://www.egps-software.net/egpscloud/eGPS_Desktop.html)？⑼哦咏徊娇CGB 2.0，致力提供万万、以致亿基因组级别的新冠病毒进化和撒播剖析，为海内、全球的防疫防控提供有力支持。
这一事情获得国家重点研发妄想和中科院战略性先导科技专项的支持。
新冠病毒基因组浏览器的用户界面和操作示意
